Научно веће Опсерваторије је стручно тело које води рачуна о научном раду. Његове активности везане су за научни рад Опсерваторије и укључују израду научно-истраживачких програма и стратегија, предлагање пројеката и оцењивање постигнутих резултата, анализу и оцену рада истраживача, као и предлагање комисија и доношење одлука о стицању научних, истраживачких и стручних звања.
Научно веће надгледа укупну научну активности Опсерваторије и утиче саветодавно на нучну политику. Такође учествује у организовању скупова, издавачких активности, научне сарадње и другим задацима како би обезбедило успешну реализацију научно-истраживачких активности.Научно веће се састоји од свих истраживача са научним звањима у Опсерваторији, а председник научног већа се бира из редова истраживача са највишим научним звањем научни саветник. Тренутно функцију Председника научног већа обавља др Срђан Самуровић, а Заменик Председника је др Ана Лаловић.
